当具有调节过敏体质的益生菌优势菌群建立起来后，会贴附在肠道黏膜组织上进行免疫调节。婴幼儿的优势菌群建立较快，所以益生菌在肠道发挥免疫调节的速度也较快，通常一到两周即可发挥功效；而成人因肠道老化问题较为严重，优势菌群的建立及免疫调节的速度较慢，可增加补充益生菌的量，可提升免疫调节的速度。
所以这个阶段的重点，是延续第一阶段的清除废物、第二阶段的补充好菌，等到优势菌群在肠道建立起来，就可以逐渐发挥免疫调节的作用，进而提升整体免疫力。同时，对于肠道的维护，避免刺激肠胃黏膜组织或胃液分泌过量，致使肠胃不适的症状加重，有以下几个原则：
1、少吃坚硬、不易消化食物，如动物筋的部分，此外，采煎、炸、烤熟调的食物也较不易消化，应该避免。
2、少吃粗纤维食物，如谷类的麸皮、水果的皮及种子、豆类的外皮、蔬菜中的粗组织等。
3、少吃高脂肪、过酸、过热、冰冷的食物。
4、少吃过度调味或熟调手法过度繁复的料理。
5、少食用刺激性食物与饮料，如辣椒、咖啡、浓茶等。
6、少量多餐、定时定量，八分饱刚刚好，避免吃得过饱而增加肠胃负担。
7、细嚼慢咽，使食物与唾液充分混合，以减少对胃黏膜的刺激。
8、在愉快、轻松的气氛下用餐进食。
